Po atentátu na zastupujícího říšského protektora SS-Obergruppenführera Reinharda Heydricha ze dne 27. května 1942 se teror nacistických okupantů proti českému národu ještě znásobil. Když Heydrich v nemocnici zraněním podlehl, rozhodli se nacisté k razantnímu kroku v rámci zastrašení obyvatel. V podstatě náhodně (díky prozrazenému dopisu) byly vybrány Lidice. Nejdříve proběhly domovní prohlídky, po-té zatýkání a výslechy, které však neprokázaly ničí vinu. Navečer dne 9. června byly Lidice obklíčeny jednotkami SS  a německé policie. Nikdo nesměl obec opustit. Starosta byl přinucen vydat veškeré obecní cennosti a obyvatelé začali být po půlnoci vyváděni ze svých domovů. Muži starší 15 let byli shromažďováni ve sklepě a chlévě jistého statku. Ráno 10. června 1942 se na místo osobně dostavil K. H. Frank, aby dohlížel na likvidaci obce. Byl též pořízen filmový záznam. Muži byli vyváděni ve skupinách na přilehlou zahradu a tam stříleni. Celkem jich na tomto místě bylo povražděno 173. Všechny domy včetně školy, kostela a fary byly polity benzínem a podpáleny, město bylo totálně vyhlazeno, do měsíce jako by neexistovalo. Některé lidické děti později prošly tzv. převýchovou, většina jich však našla smrt ve speciálním vyhlazovacím automobilu poblíž vyhlazovacího tábora Chełmno. Většina žen byla převezena do Ravensbrücku a konce války se také nedočkala.